上海交通大学船舶与海洋工程设计研究所隶属上海交通大学船舶海洋与建筑工程学院。学院下设船舶与海洋工程系、 工程力学系、土木工程系、建筑学系 、国际航运系以及港口航道与海岸工程系，涵盖了六个一级学科，拥有两个国家一级重点学科：船舶与海洋工程、力学，并设有一系列建于船舶与海洋工程学科基础上的研究所，包括有：船舶与海洋工程设计研究所、水下工程研究所、结构力学研究所、新型船舶与海洋结构物开发研究所、水下技术工程研究中心、工程力学研究所、流体力学与工程仿真研究所。同时，学院还拥有海洋工程国家重点实验室 (包括：海洋工程水池、船模试验水池、空泡水筒实验室、水下工程实验室、CAD/CAM实验室、结构力学实验室)、工程力学实验中心等。这些科研院所之间相互依托、资源共享、优势互补。